東京都文京区では、３歳児待機児童が多く、保育所にも幼稚園にも入れないことから、こども園の設置が課題でした。一方、文京区内にキャンパスのある国立大学法人お茶の水女子大学は、日本初の幼稚園を有し、幼児教育・保育に関する教育研究拠点としての長い歴史があります。大学の資源である質の高い乳幼児教育・保育サービスを提供するとともに大学における教育研究活動の実践と成果を社会へ還元するため、文京区との連携によって「認定こども園」を開設することになりました。

具体的には、文京区が大学に業務運営を委託するというもので、「認定こども園」とは、保護者が働いている・いないにかかわらず就学前の子どもが通う、保育所と幼稚園の機能を併せ持つ施設です。国が２００６年に創設し全国に普及していますが、自治体と国立大学法人による「公設国営」のこども園は全国でも初のケースです。
「文京区立お茶の水女子大学こども園」は２０１６年４月に開園。定員は保育所（０歳～５歳）６０名、幼稚園（３歳～５歳）３３名の計９３名です。